L’ADN environnemental (ADNe) révolutionne les méthodes classiques de recensement et de mesure de la biodiversité.
Le terme ADNe est apparu dans la littérature scientifique à la fin des années 80, et depuis le milieu des années 2000 les publications s’y référant se multiplient grâce à des développements technologiques qui permettent un traitement de plus gros volumes de séquences d’ADN à des coûts moins élevés.
L’ADN à la loupe
Le principe consiste à rechercher les traces d’un organisme et non l’organisme en lui-même. Celui-ci a disséminé des copies de son génome sur son passage (fragments de tissu, poils, cellules, gamètes, excréments...) que l’on va capturer dans des échantillons de sol, d’air ou d’eau.
Une fois le prélèvement effectué, l’extraction et l’amplification de l’ADN se font en laboratoire dans un environnement très protégé afin de se prémunir d’éventuelles contaminations. L’ADN est ensuite séquencé et les séquence d’ADN obtenues sont comparées à une banque d’ADN des espèces déjà identifiées. L’analyse des séquences d’ADN apporte donc des informations sur les espèces vivantes dont elles proviennent.
Là où l’identification visuelle de deux espèces (de grenouille par exemple) différentes mais à la morphologie ressemblante serait ardue et aléatoire, cette technique permet d’automatiser et de faciliter la caractérisation des espèces fréquentant le lieu du prélèvement.
Outil prometteur
Une étude financée par le programme Census of Marine Life dont les résultats ont été publiés dans PLoS Biology en 2011 affirme que 86% des espèces terrestres et 91% des espèces aquatiques restent à identifier et à décrire.[i]
L’ADNe pourrait être la solution pour diminuer ces statistiques. Il est déjà utilisé pour recenser les espèces végétales ou animales inconnues ou rares, ou encore menacées, mais aussi pour prévenir des invasions biologiques, et observer des comportements de déplacement, des régimes alimentaires…Son champ d’application est large.
L’efficacité de cette méthode reste toutefois nuancée par certaines limitations techniques liées par exemple à la stabilité des fragments d’ADN collectés, qui peuvent être contaminés, incomplets ou dégradés. Son utilisation en milieu marin est un défi en raison de la dilution intrinsèque à l’écosystème, au risque de dispersion dû aux marées et aux propriétés physico-chimiques de l’eau qui peuvent altérer la structure de l’ADN. Les résultats des études basées sur ce nouvel outil sont encore préliminaires mais prometteurs, et on devrait voir le champ d‘application de l’ADNe s’étendre rapidement
[i]How Many Species Are There on Earth and in the Ocean?
