Dans un rapport publié le 23 juin, la Commission fait apparaître qu'il subsiste des différences dans la manière dont les évaluations des incidences sur l'environnement (EIE) sont menées à travers l'UE. Selon Margot Wallström, commissaire en charge de l'environnement qui a présenté le rapport lors une conférence de presse à Bruxelles : «Ce rapport montre que les États membres doivent faire davantage pour appliquer correctement la directive EIE, et il indique quels sont les points faibles de la mise en œuvre.»
Le rapport souligne que les États membres doivent passer à la vitesse supérieure dans la mise en œuvre de la directive. Tout d'abord, certains États membres n'ont pas encore transposé dans leur droit national la version modifiée de la directive EIE, alors que l'échéance fixée pour cette transposition est dépassée depuis plus de quatre ans.

Le rapport décrit neuf points faibles dans les secteurs suivants :
-un manque d'examen systématique, dans la phase d'appréciation, des projets relevant de l'annexe II de la directive. Cette annexe II énumère les catégories de projets qui doivent être soumis à une EIE s'ils sont susceptibles d'avoir un impact significatif sur l'environnement;
-des écarts importants, entre les États membres, en ce qui concerne les critères retenus pour l'appréciation. Cela signifie qu'un projet donné serait soumis à une EIE dans un État membre et pas dans un autre;
-une définition insatisfaisante de la portée (la teneur) des études d'impact environnemental;
-une mauvaise prise en considération des effets cumulés des projets;
-un traitement insuffisant des EIE transfrontières, qui exigent une consultation formelle et informelle plus approfondie;
-une faible qualité des systèmes de contrôle pour le processus d'EIE. L'établissement de systèmes de contrôle de la qualité n'est pas une obligation découlant de la directive elle-même, mais est laissé aux États membres;
-des variations du niveau d'activité EIE entre les États membres, c'est-à-dire le nombre d'EIE menées dans chaque État membre.
-une intégration insuffisante des résultats de l'EIE dans les décisions de développement;
-une transposition incomplète de la directive 97/11.