La formation de cette Zone atelier a débuté en 1990 avec la soumission d'un projet de recherche portant sur la biodiversité dans la zone de polders au nord du site de Pleine-Fougères. En 1993, deux projets complémentaires émergent :

- un projet européen sur la biodiversité des bordures de champs

-un projet " structures linéaires boisées " du ministère chargé de l'environnement.

Ils ont justifié l'extension de la zone d'étude à des sites bocagers " du plateau ". Pour ces projets, troissites bocagers distants de quelques kilomètres ont étéretenus afin de comparer des situations paysagèresdifférentes dans un contexte géographique et agricole semblable. D'une superficie approximative de500ha, ils ont été différenciés par leur densité de haies.
Une deuxième extension sur trois sites différents (un site densément bocager, un second ouvert et un troisième intermédiaire) a été réalisée en 1997 pour couvrir deux bassins versants de façon exhaustive. À l'intérieur de chaque site, a été choisi un " mini-réseau " d'une cinquantaine de haies dont la totalité de la flore herbacée a été analysée et dont tous les bords de champ sont observés depuis 1994 pour repérer les pratiques d'entretien. En 2000, l'intérêt des chercheurs pour le site de Pleine-Fougères augmentant, il a été décidé de constituer un site unique pour suivre les dynamiques d'occupation du sol et des paysages. Les limites prenaient en compte les bassins versants, avec le Guyout comme limite ouest. En 2006, le site a été étendu à l'est pour incorporer le marais de Sougéal, zone " Natura 2000 ", en bordure ouest du Couesnon. En 2011, suite aux recommandations du comité d'évaluation de la Zone atelier ainsi qu'à l'évolution des problématiques de recherche, le site a été étendu de manière significative pour incorporer Rennes. Métropole qui constitue ainsi un observatoire urbain. D'autres paysages sont échantillonnés sur l'ensemble de l'Ille-et-Vilaine car ils correspondent soit à des gradients de type d'occupation du sol (importance des éléments semi-naturels) ou à une importance plus ou moins grande de l'agriculture biologique.